Entre 1390 et 1460, le bourg est placé sur un itinéraire commercial majeur, entre les foires de Châlon-sur-Saône et celles, en plein essor, de Genève. Les voituriers de Septmoncel assurent le transport des marchandises à travers les Mont Jura. Ils sont nombreux à venir s’établir à Gex.
C’est dans ce contexte économique florissant que le duc de Savoie entreprend de reconstruire le château et la halle. L’élevage de bovins, la fabrication de fromages et le travail du cuir procurent aux bourgeois des revenus importants.
On sait que des marchands bourguignons viennent à Gex, certains d’entre eux ont été emprisonnés au château en 1423.
Le duc de Savoie, en 1453, concède de nouvelles franchises par lesquelles il exempte les nouveaux habitants du bourg de dix années d’impôts et protège les marchands qui se rendent aux foires et marchés de Gex.